Le 1er juillet 2006 est une date clé dans la carrière de Zinedine Zidane. Si la qualification des joueurs de l'équipe de France est due à leur maîtrise absolue de la partie face à des Brésiliens impuissants, l'acteur principal en a été le meneur français. Ce jour-là, Zinedine Zidane survole la partie comme jamais auparavant et est élu homme du match par la FIFA. Il dribble, jongle au-dessus des têtes brésiliennes, et surtout offre, pour la première et la dernière fois de sa carrière, une passe décisive à Thierry Henry.
Sa carrière manque de s'achever en apothéose lors de la finale de la Coupe du monde 2006 face à l'Italie. Elle finira sur une expulsion par un carton rouge après consultation par l'arbitre de l'un des arbitres assistants, pour avoir porté un coup de tête au thorax du joueur italien Marco Materazzi (suite à une insulte). Zidane a, lors d'une interview sur la chaîne télévisée française Canal +, allégué que des « mots durs » avaient été tenus à l'encontre de sa s½ur et de sa mère. Dans l'interview sur la chaîne TF1, il a nié que Marco Materazzi ait tenu des propos racistes, démentant les rumeurs lancées par certains tabloïds anglais .
Zinedine Zidane est condamné le 20 juillet par la FIFA à 3 matchs de suspension et 7 500 francs suisses d'amende, tandis que le joueur italien écope de deux matches de suspension et 5 000 francs suisses d'amende. Zidane conserve cependant son titre de meilleur joueur de la Coupe du monde 2006. (Voir l'article détaillé)
La France perd la finale 5-3 aux tirs au but.
Pourtant, dès la 7e minute, Zidane avait inscrit ce qui sera son dernier but, son troisième en deux finales de Coupe du monde, rejoignant ainsi Vavá, Geoffrey Hurst et Pelé, tous trois auteurs de trois buts en finale de Coupe du monde. Ce match était aussi le dernier match de sa carrière car il partit à la retraite